Pembangunan proyek kereta cepat ini berpotensi kembali melambat lantaran terjadinya cost overrun alias pembengkakan biaya. Kementerian Koordinator Bidang Perekonomian menyebut, cost overrun yang dialami proyek KCJB ini diperkirakan mencapai USD 1,176 miliar atau setara Rp 16,8 triliun.